多组学与药物敏感分析的数据库

发布于 2021-04-29 07:35

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药物敏感性一直是个体化癌症化疗的核心。癌症中的药物敏感性研究对于实现癌症患者的个性化治疗和推动精密医学的发展至关重要。但由于个体间的异质性,药物敏感性的巨大差异导致有限医疗资源的利用效率低下,因此研究与药物反应相关的分子以优化药物疗法将非常需要。

今天小编就来给大家介绍一个与药物敏感性相关的RNA的数据库:RNAactDrug(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/RNAactDrug/)。该数据库通过对三个大型药物基因组数据库(GDSC,CellMiner和CCLE)的综合分析在4个分子水平上(表达,拷贝数变异,突变和甲基化)来探索药物敏感性和RNA分子的相关性。目前,RNAactDrug已存储了4 924 200多个RNA分子和药物敏感性的关联,涵盖了19 770个mRNA,11 119个lncRNA,438个miRNA和4155种药物。

下面咱们就来看一下该数据库的具体使用方法,就Search来说,可以进行快速搜索及更精确的高级搜索。

这里以快速搜索为例,简要介绍一下检索及结果。我们这里输入RNA名称,MARK3。

提交后,结果如下,主要是关于药物敏感性-RNA分子相关性的基本信息

点击Detail所在列,可以查看多组学水平(表达值,CNV,甲基化水平或突变状态)下RNA与药物敏感性之间相关性的详细信息。

对于作为分类数据的突变数据,首先根据给定RNA分子的突变状态将细胞系分为两组,并绘制出药敏数据的箱线图。对于连续数据(表达,CNV和甲基化数据),该数据库绘制了以分子水平为X轴,药物敏感性数据为Y轴的散点图。这里,我们点击第一行的“+”,可以查看该RNA的CNV状态下药物敏感性与RNA分子之间的相关性。


当我们想查看其他状态下的相关性时,可以依据Omics列进行选择,例如突变数据,结果将展示突变状态下的箱式图。

当我们点击菜单栏的Search时,将进入到高级搜索选项,可以实现更精确的检索。可以同时输入RNA及药物名称(或仅输入一个),并自定义显著性及数据的具体来源等。我们这里以该网站提供的example为例进行简要展示。

提交后,根据检索结果,可以发现药物Axitinib的敏感性与RNA MARK3之间仅在表达方面有相关性。

Browse页面上,我们可以通过选择特定的RNA分子或药物浏览数据库中的所有结果。

Download页面,我们则可以下载RNAactDrug数据库中的所有数据。

好啦,该数据库的具体使用大概也就这些了,具体操作还是很简单的。通过该数据库可以给药物与基因研究联系起来提供一种思路。



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