用Python一次性把论文作图与数据处理全部搞定!

发布于 2021-04-29 08:07


一入科研深似海……


“防脱发用生姜还是黑芝麻?”,科研人已经开始为自己所剩无几的头发发愁了



文献看到头秃,前沿课题总无缘




置顶了一页实验组微信群、QQ群,想追踪前沿文献,了解跟自己课题组相关的科研潮流,拿到好的课题走上人生巅峰。

打开手机,刺眼的“99+”果断让人屏蔽群消息。

关注了几十个相关学术话题,打开知乎想搜搜大佬们的回答,却刷了半个小时热门推送——

才反应过来,“我刚刚要干嘛来着?”

好吧,那去知网Web of Science一篇一篇看吧。

可是同一个文献网站用的多了,往往会发现会有重复文献出现。

文献量庞大的话,还得手动剔除已经检索过的文献,分辨哪些是后来更新的文献。

每天除了吃饭睡觉做实验外,干的最多的活莫过于阅读文献了。


文章看得多了头晕眼花,还影响做实验的时间,不知不觉就成了——

“月亮不睡我不睡,实验室秃头小宝贝!”

这些时间如果能拿来休息,参加学术会议,和大牛们交流,学习新知识该多好~



“只有数据不分析怎么行”




犹记得我初入实验室,一拿到数据就想要跟师兄师姐邀功。


结果——


“学妹这样不行的呀,共聚焦显微镜下拍摄的两个探针的信号,需要做共定位分析,去算一下共定位系数和 Pearson 相关系数吧。


数据图除了做单因素方差分析还要重点看有没有显著性差异。”


以为拿到好数据就可以喘口气,没想到统计和作图又开始让人头秃。


作为一名科研人,不管愿意不愿意,总是读文献做实验写论文三点一线的。

于是就遇到一个难题,论文的数据都必须进行统计学处理。


90% 国际 SCI 临床医学杂志会对投稿文章进行统计学审稿,影响因子越高的期刊对统计学审稿要求也越严格。


看见师兄文章里明了高端的 PPI 图、热图、富集图、韦恩图、和弦图、火山图和主成分分析图,自己和他们的差距一目了然,发表SCI感觉遥不可期。



救救孩子的头发 T^T




不慌!


大数据时代,只要找准科研方向,没有什么是一波优质数据搞不定的?如果有,那就再配上信息挖掘和数据分析工具。


Python作为一款效率工具,在人工智能数据分析等领域表现非常突出,像自动抓取资料、分析数据、自动下载,提取关键词等这样的功能都是分分钟完成。


比如:我们需要大量的文献做参考。

  • 以前需要打开各类学术网站,然后手动一个一个下载需要的文献,然后再手动进行分类,得用上半天的时间才能够解决这项重复的事情。

  • 而用Python,不仅能1 秒定位目标文献,还能自动对应下载相关领域的关键文章、重要作者和科研热点,追溯文献引证关系。

▲千条学术论文信息自动抓取

这中间省下的时间,可以去学习(打球)、做实验(谈恋爱)......科研生活一下子就变得明亮了!

  • 在数据处理方面,我们可能要面对上万条序列的文件,由于文件过大,不要说进行处理了,连打开文本都会直接卡死。

  • 而通过Python输入原始数据后,不仅能自动统计分析海量数据,还能得到满足论文发表的高质量图片。

▲自动生成数据分析可视图

这样的效率和质量,是不是又让我们离发表SCI论文更近了一步?

这也是为什么,我这次想把扇贝的Python编程课推荐给大家的原因!一个让我改变对编程固有认知的地方,也希望这一次,能够帮助到你



很多人一提起Python,第一反应就是,计算机?编程?太难了我学不会。


其实学Python,不用你英语数学有多好,不用你是理科生,你只需要:

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以前一提起学软件,大家第一印象就是:好麻烦,要自己下各种东西、还不确定能不能下载到正确的软件。


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